Bên cạnh đó, Jakarta còn đối phó nhiều vấn đề nghiêm trọng về môi trường như lún và ngập. Theo trang The Quint, việc xây các tòa nhà chung cư và trung tâm thương mại làm gia tăng nguy cơ ngập, trong khi khu vực phía bắc Jakarta đang lún khoảng 25cm mỗi năm.